ProRail is een niet-beursgenoteerde vennootschap. Het bestuur van de vennootschap wordt gevormd door drie statutair directeuren. De raad van commissarissen houdt toezicht.
De Nederlandse staat is, via Railinfratrust bv, de enige aandeelhouder van ProRail bv. Het aandeelhouderschap is ondergebracht bij het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat.